Należy mieć na uwadze, że warunkiem zastosowania ulgi jest prowadzenie odrębnej ewidencji na jej potrzeby. Ewidencja ma umożliwić wykazanie w zeznaniu za dany rok podatkowy wysokości kosztów kwalifikowanych poniesionych w roku podatkowym– nie precyzuje się w jaki sposób ewidencja powinna być prowadzona. Orzecznictwo organów podatkowych wskazuje, że ewidencja może być prowadzona zarówno na kontach pomocniczych, jak i w formie arkusza Excel (pozaksięgowo; np. interpretacja indywidualna z dnia 4 stycznia 2019 r. sygn. 0111-KDIB1-3.4010.578.2018.1.AN; z dnia 27 stycznia 2017 r. sygn. 2461-IBPB-1-2.4510.1047.2016.1.MM).
Co do zasady, ewidencja powinna być na tyle szczegółowa, aby można było wydzielić koszty odpowiadające poszczególnym kategoriom w odpowiednim załączniku do zeznania rocznego. Wskazane jest również posiadanie dokumentów/ewidencji wskazujących na poprawność wysokości ww. kosztów, tj.: ewidencja czasu pracy pracowników odpowiedzialnych za prace B+R, ewidencja materiałów i surowców przypisanych do konkretnych projektów czy ewidencja dotycząca amortyzacji środków trwałych i wartości niematerialnych i prawnych, wskazująca na czas ich użytkowania przy projekcie.
Ulga IP Box
Ulga IP Box jest natomiast ulgą dochodową, pozwalająca na stosowanie stawki opodatkowania 5% w stosunku do pewnej części lub całości dochodu podatnika. Preferencyjna stawka ma zastosowanie w stosunku do ustalonego w określony sposób dochodu z kwalifikowanych praw własności intelektualnej. W przypadku podmiotów wytwarzających oprogramowanie, dochodem mogącym podlegać opodatkowaniu na preferencyjnych zasadach jest najczęściej dochód ze sprzedaży autorskiego prawa do programu komputerowego, wytworzonego w ramach działalności badawczo-rozwojowej.
Konstrukcja ulgi powoduje, że może być ona szczególnie atrakcyjna dla osób fizycznych, prowadzących działalność gospodarczą w zakresie wytwarzania oprogramowania. Jednakże, również w tym przypadku warunkiem zastosowania ulgi jest prowadzenie szczegółowej odrębnej ewidencji, pozwalającej m.in. na wyodrębnienie prawa własności intelektualnej, ustalenie przychodów, kosztów uzyskania przychodów i dochodu (straty), przypadających na każde kwalifikowane prawo własności intelektualnej oraz ustalenie wskaźnika Nexus.
Dotychczas organy podatkowe w wydawanych interpretacjach indywidualnych zajmowały często niekorzystne dla podatników stanowisko, że wspomniana ewidencja powinna być prowadzona na bieżąco, w ciągu roku. Jednakże, w niedawno opublikowanym wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gorzowie Wielkopolskim z dnia 30 lipca 2020 r., (sygn. akt. I SA/Go 115/20) sąd wskazał, że wystarczające jest przygotowanie ewidencji na potrzeby rocznego rozliczenia.