Wątpliwości wielu przedsiębiorców budzi kwestia obowiązku pobierania w trakcie roku zryczałtowanego podatku dochodowego od wypłacanych komplementariuszowi zaliczek na poczet zysku. W przypadku komplementariusza znajduje bowiem zastosowanie zwolnienie z art. 30a ust. 6a ustawy o PIT, zgodnie z którym zryczałtowany podatek pomniejsza się o kwotę odpowiadającą iloczynowi procentowego udziału komplementariusza w zysku spółki
i podatku należnego od dochodu tej spółki (CIT) za rok podatkowy, z którego przychód z tytułu udziału w zysku został uzyskany. Spółka jako płatnik ma obowiązek pobierając podatek zastosować ww. zwolnienie (art. 41 ust. 4e ustawy o PIT).

Jako że z uwagi na brzmienie powyższego przepisu nie jest możliwe zastosowanie omawianego zwolnienia przed poznaniem dochodu podlegającemu opodatkowaniu CIT (na poziomie spółki), pojawia się wątpliwość, czy w takim razie zryczałtowany podatek powinien być pobierany w trakcie roku w pełnej wysokości. W takim przypadku zwolnienie znalazłoby zastosowanie dopiero w zeznaniu rocznym. Powyższe, niekorzystne stanowisko jest tożsame ze stanowiskiem konsekwentnie dotychczas prezentowanym przez organy podatkowe w wydawanych interpretacjach indywidualnych. Jednocześnie, odmienne stanowisko przedstawiają sądy administracyjne w wyrokach dotyczących wydawanych interpretacji, np. wyroki WSA w Gdańsku z dnia 10 listopada 2021 r. sygn. akt. I SA/Gd 1126/21 i z dnia 11 stycznia 2022 r. sygn. akt. I SA/Gd 1310/21; wyrok NSA z dnia 3 grudnia 2020 r., sygn. akt. II FSK 2048/18 (dotyczący spółek komandytowo-akcyjnych – analogiczne przepisy). Zdaniem sądów, możliwość poboru zryczałtowanego podatku od zaliczek na poczet zysku wypłacanych komplementariuszom z zastosowaniem przepisów ustawy o PIT istnieje dopiero w momencie obliczenia dochodu spółki podlegającego opodatkowaniu CIT. W tym momencie powstanie więc dopiero zobowiązanie podatkowe po stronie wspólnika i jednocześnie możliwość poboru podatku po stronie płatnika. Tym samym, zryczałtowany podatek nie może i nie powinien być pobierany w trakcie roku.

Mając na uwadze niejednolite stanowiska organów podatkowych i sądów, na dany moment stosując stanowisko sądów administracyjnych należy liczyć się z koniecznością zaskarżenia stanowiska organów podatkowych w indywidualnej sprawie, celem uzyskania pozytywnego rozstrzygnięcia.